U jednotlivých zemědělských plodin jsou dnes známy desítky ekonomicky významných virů způsobujících škody na jejich výnosu a kvalitě. Neexistuje test, který by dokázal v jedné reakci prokázat všechny patogeny. Použití sekvenování nové generace (next generation sequencing – NGS) má potenciál odhalit všechny viry ve vzorku rostliny (např. u třešně 22 virů) a to nejen známé viry, ale i nové viry – původce chorob, zejména při mnohočetných infekcích. Využití tak nalezne nejen v rostlinné biologii, kde současná rutinní diagnostika rostlinných virů, viroidů a fytoplazem je založena na imunoenzymatickém testu ELISA (viry) a polymerázové řetězové reakci (viry, viroidy a fytoplazmy), ale také v zemědělství. Například pro specifickou oblast genetického výzkumu zaměřeného na studium rostlinných a živočišných genomů s konečným cílem generování agronomických vylepšení, jako je zlepšení kvality plodin a jejich výnosnost, zvyšování odolnosti rostlin proti patogenům, tedy omezení používání herbicidů, zlepšení účinnosti šlechtění rostlin a zvyšování přirozené schopnosti tolerance k abiotickým stresům, jako je sucho nebo mráz.
